Die meisten Einträge im GNOME-Menü werden automatisch aus Dateien /usr/share/applications/Applikation.desktop abgeleitet. Dort kann bzw. sollte jede Applikation bei der Installation Name in verschiedenen Sprachen, Icon und Aufruf definieren. Vielleicht kannst Du als root dort einen falschen Aufruf (Zeile exec=..) korrigieren.