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Man muss und soll sich sich _niemals_ als Root an einer Maschine anmelden.
Starte das Programm einfach mit kdesu (wenn Du KDE nutzt) oder gksudo (wenn Du Gnome hast).
Unter gnome also einfach
ALT-F2 drücken. "gksudo clamtk" ohne die Anführungszeichen eintippen.
BTW: Antivirus ist unter Linux nicht so elementar wichtig wie unter Windows. Im Moment gibt es kaum Viren für Linux und quasi gar keinen in freie Wildbahn.