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Hängt stark von der Version ab.
Ein Matlab 6.0 (wenn ich mich recht entsinne) habe ich mit wine an's laufen bekommen. Lediglich der interne Editor wollte nicht wirklich da fehlgen in der Anzeige die ersten 4 Zeichen. Da konnte man aber einen externen Editor angeben. Hab da glaube ich vim angelegt. Damit funktionierte das dann.
Eine sehr gute Alternative zu Matlab ist übrigens 'oktave'. Wer Matlab kennt wird mit oktave keine Probleme haben.
Ich persönlich nutze Maxima und wxmaxima, ist relativ einfach zu bedienen. Man kann eigentlich alles machen.
Ansonsten für statistische Auswertungen kann ich nur R mit rkward empfehlen.