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Mit Putty greifst Du nicht auf POP und HTTPS Seiten zu - das sind zwei paar Schuhe. Für POPS und HTTPS brauchst Du ein entsprechendes Zertifikat. Dafür musst Du, wenn es sich um ein selbstsigniertes Zertifikat handelt, ein neues generienen. Dafür gibts das "openssl req" Kommando. Wenn Du ein offizielles Zertifikat hast, musst Du einen neuen Certificate Signing Request erstellen und denn an die die CA schicken. Die übermitteln dir dann ein neues Zertifikat. Am Ende hast Du bei beiden Varianten ein neues Zertifikat und einen dazu passenden Private Key. Diese beiden Dateien kopierst Du auf deinen Server und konfigurierst den Webserver und den POP3 Server so um, dass sie die neuen Dateien verwenden. Anschließend diese Dienste neu starten und fertig.
Für SSH funktioniert das anders. Wenn Du dort Zertifikate zur Authentifzierung verwendest, so hast Du die mit Sicherheit schonmal selbst erstellt und die entsprechenden öffentlichen Teile der Schlüsselpaare auf den Server kopiert. Sowas kann der Hoster nänlich nicht für dich machen, er hat ja zum Glück keinen Zugriff auf deinen Windows PC. Ergo musst Du das gleiche das Du damals gemacht hast nochmal wiederholen. Gibt auch einen schönen Wikieintrag hier im Linux Club Wiki der den Zugriff per SSH auf eine Maschine erklärt.