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Mach Dir eine regelmäßige Sicherung per mysqldump über cron oder beim abmelden und laß dieses zu Win rüberkopieren.
Alternativ kannst Du an der mysql.conf den Pfad ändern, habe es jedoch selbst noch nicht ausprobiert. Zudem kann ich Dir nicht sagen ob es Probleme mit den Dateisystem geben wird.
#Path to the database root
#datadir=/home/woauchimmer
Ausprobiert habe ich es allerdings noch nicht.
Ich würde Dir empfehlen von der MySQL Homepage das Programm MySQLAdminstrator herunter zu laden. Mit diesem Programm kannst Du alle Parameter über GUI ändern. Ich habe es allerdings nur unter 9.2 ans Laufen gebracht.
Vor dem Verschieben der Daten würde ich den MySQL Server herunterfahren.
wie muß ich dein Vorhaben verstehen? Du mountest unter Linux eine Windows-Partition, auf die du dann die Mysql-Datenbank verschieben willst, und anschließend bootest du Windows um die Datenbank zu sichern? Oder wie ist das zu verstehen?